1597年的朝鮮王朝危機(jī)四伏，朝鮮海軍主力隨著大將李舜臣（崔岷植 飾）被貶而遭受巨大打擊，軍紀(jì)潰散，只剩少量軍艦。而倭寇伺機(jī)派出脅坂安治（趙震雄 飾），協(xié)同令人聞風(fēng)喪膽的“海賊王”來島通總（柳承龍 飾）的海盜軍共同出擊，勢必攻克漢陽。危急關(guān)頭，李舜臣力排眾議，奔跑吧兄弟第二季決定率領(lǐng)僅 剩的十幾艘軍艦前去鳴梁海峽迎戰(zhàn)倭寇。李舜臣先是派遣部下任俊永（晉久 飾）去敵方匯合臥底俊沙（大谷慶彥 飾），又重振軍心，以“勇者生，畏者死”的氣概，號召與倭寇決一死戰(zhàn)。 決戰(zhàn)開始，李舜臣身先士卒，死守血島，擊潰“海賊王”好幾撥先遣軍，奔跑吧兄弟第二季關(guān)鍵時刻任俊永的啞妻（李貞賢 飾）讀懂他的唇語發(fā)揮作用，奔跑吧兄弟第二季使得李舜臣將船成功獲救。最終軍民協(xié)力，重創(chuàng)了日本艦隊(duì)，創(chuàng)造了世界海戰(zhàn)史上一次以少勝多的著名戰(zhàn)役。